Bioinfo_eXtrema : un enfoque bioinformático para integrar información ambiental, bioquímica y genómica, enfocado en bioprospección y selección de consorcios de microorganismos con aplicaciones en biorremediación
DOI:
https://doi.org/10.26461/05.07Resumen
La identificación de componentes funcionales clave para diversos bioprocesos de interés industrial ha permitido seleccionar aislamientos adaptados a condiciones ambientales extremas en tres especies de hongos del género Penicillium. Dichos aislamientos fueron evaluados in vitro para caracterizar su potencial como componentes de un consorcio microbiano aplicable en biorremediación de efluentes industriales que contienen residuos lignocelulósicos. Los resultados de la anotación de secuencias genómicas disponibles para una de las especies identificadas apuntan a la existencia de genes con alta similaridad respecto a los existentes en diversos hongos considerados como referencia en materia de degradación de lignina en ambientes naturales. Las anotaciones funcionales propuestas a partir de secuencias accesibles –identificadas a través de la base de datos Fungal Oxidative Lignin Enzymes– podrían contrastarse con los resultados experimentales para cepas creciendo en diferentes medios con lignina, representando ambientes industriales extremos. Mediante este trabajo se propone el ensamblado de Bioinfo_eXtrema como parte de un enfoque bioinformático centrado en la selección de consorcios de extremófilos para aplicaciones en biotecnología industrial, combinando diversas técnicas de minería de datos –integradas a través del Waikato Environment for Knowledge Analysis– para facilitar la integración de información molecular disponible e indicadores funcionales relevantes para aplicaciones en biorremediación.
Descargas
Citas
KEMPER, Brian; MATSUZAKi, Takuya; MATSUOKA, Yukiko; TSURUOKA, Yoshimasa; KITANO, Hiroaki; ANANIADOU, Sophia; TSUJII, Jun’ichi. PathText: a text mining integrator for biological pathway visualizations. En: Bioinformatics. 2010, 26(12):374-381.
KUNIK Vered; MEROZ, Yasmine; SOLAN, Zach; SANDBANK, Ben; WEINGART, Uri; RUPPIN, Eytan; HORN, David. Functional representation of enzymes by specific peptides. En: PLOS Comp Biol.2007, 3(8):1623-1632
INRI; UNIVERSITES DE PROVENCE ET DE LA MEDITERRANEE; UMR. FOLy Fungal Oxidative Lignin enzymes [En línea]. Marseille: INRI; Universites de Provence et de la Mediterranee; UMR, 2010. [Consulta 27 de junio de 2010]. Disponible en: http://foly.esil.univ-mrs.fr/
LEITAO, Ana Lucía. Potential of Penicillium species in the bioremediation field. En: Int. J. Environ. Res. Public Health. 2009, 6(4):1393-1417
LEVASSEUR, Anthony; PIUMI, Francois; COUTIÑO, Pedro M.; RANCUREL, Corinne; ASTHER, Michèlle; DELATTRE, Michel; HENRISSAT, Bernard; PONTAROTTI, Pierre; ASTHER, Marcel; RECORD, Eric. FOLy: An integrated database for the classification and functional annotation of fungal oxidoreductases potentially involved in the degradation of lignin and related aromatic compounds. En: Fungal Genetics and Biology. 2008, 45(5):638–645.
LOPRETTI, Mary; OTTATI, Carolina; CAPDEVIELLE, Fabián; DAMBORIARENA, Agustín; SIBAJA, María. Penicillium ́s consortium: potential modifier of polyphenols for management and industrial use. En: EUROPEAN COMmISSION. 18th European Biomass Conference and Exhibition (Lyon 3-7 de mayo de 2010). Lyon: European Commission, 2010.
MARTINEZ, Diego; LARRONDO, Luis; PUTMAN, Nik; GELPKE, Maarten D.S.; HUANG, Katherine; CHAPMAN, Jarrod; HELFENBEIN, Kevin G.; RAMAIYA, Preethi; DETTER, J. Chris; LARIMER, Frank; COUTINHO, PEDRO M.; HENRISSAT, Bernard; BERKA, Randy; CULLEN, Dan; ROKHSAR, Daniel. Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78. En: Nature Biotechnology. 2004, (22):1–6.
NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION. Genomes & maps [En línea]. Bethesda: NCBI, s.d. [Consulta 27 de junio de 2010]. Disponible en: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/genomes-maps/
NOBATA, Chikashi; COTTER, Philip; OKAZAKI, Naoaki; REA, Brian; SASAKI, Yutaka; TSURUOKA, Yoshimasa; ANANIADOU, Sophia. Kleio: a knowledge-enriched information retrieval system for biology. En: MYAENG, S.H. et al. Proceedings of the 31st Annual International ACM SIGIR Conference on Research and Development in Information Retrieval. Singapore: ACM, 2008. pp. 787-788.
TSURUOKA,Yoshimasa; TSUJII, Jun’ichi; ANANIADOU, Sophia. FACTA: a text search engine for finding associated biomedical concepts. En: Bioinformatics. 2008, 24(21):2259–2260.
THE NATIONAL CENTRE FOR TEXT MINING. KLEIO [En línea]. Manchester: The National Centre for Text Mining, s.d. [Consulta 27 de junio de 2010]. Disponible en: http://www.nactem.ac.uk/software/kleio/
WEINGART, Uri; LAVI, Yair; HORN, David. Data mining of enzymes using specific peptides. En: BMC Bioinformatics. 2009, (10):446-456.
WEINGART, Uri; LAVI, Yair; HORN, David. Data mining of enzymes. Peptide search [En línea]. s.l.: Uri Weingar, s.d. [Consulta 27 de junio de 2010]. Disponible en: http://adios.tau.ac.il/DME/
UNIVERSITY OF CALIFORNIA. Phanerochaete chrysosporium [En línea]. Versión 2.0. California: University of California, s.d. [Consulta 27 de junio de 2010]. Disponible en: http://genome.jgi-psf.org/Phchr1/Phchr1.home.html
WITTEN, Ian H.; FRANK, Eibe. Data mining: practical machine learning tools and techniques. San Francisco: Morgan-Kaufmann, 2005.
Descargas
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Los autores del manuscrito declaran conocer y aceptar los siguientes términos de responsabilidad:
Haber participado lo suficiente en el trabajo como para hacer pública la responsabilidad por su contenido.
Que el manuscrito representa un trabajo original que no fue publicado ni está siendo considerado por otra revista para su publicación, en parte o en forma íntegra, tanto impresa como electrónica.
Que en caso de ser solicitado, procurará o cooperará en la obtención y suministro de datos sobre los cuales el manuscrito esté basado.
Declara que la información divulgada que pudiera pertenecer a un tercero cuenta con la autorización correspondiente.
Autorización para la publicación y compromiso de cita de primera publicación
Los autores/as conservan los derechos de autor y ceden a la revista INNOTEC / INNOTEC Gestión el derecho de la primera publicación, con el trabajo registrado con la licencia de atribución Creative Commons Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional. Creative Commons, que permite a terceros utilizar lo publicado siempre que mencionen la autoría del trabajo y a la primera publicación en esta revista sin fines comerciales.
El autor se compromete a realizar la cita completa de la edición institucional de esta primer publicación en las siguientes publicaciones -completas o parciales- efectuadas en cualquier otro medio de divulgación, impreso o electrónico.
Los autores/as pueden realizar otros acuerdos contractuales no comerciales independientes y adicionales para la distribución no exclusiva de la versión del artículo publicado en esta revista (p. ej., incluirlo en un repositorio institucional o publicarlo en un libro) siempre que indiquen claramente que el trabajo se publicó por primera vez en esta revista.
Se permite a los autores/as publicar su trabajo en Internet (por ejemplo en páginas institucionales o personales) antes y durante el proceso de revisión, ya que puede conducir a intercambios productivos y a una mayor y más rápida difusión del trabajo publicado (vea The Effect of Open Access). A su vez los autores/as autorizan al LATU a publicar el trabajo en su repositorio digital.
Los conceptos y opiniones vertidos en los artículos son de responsabilidad de sus autores.
Este obra está bajo una licencia Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional.
